税收征缴规定不同

一人有限责任公司按照税法规定，需要缴纳企业所得税，而个人独资企业不需要交纳企业所得税，只需要缴纳个人所得税。《关于个人独资企业和合伙企业征收个人所得税问题的通知》规定，个人独资企业和合伙企业从2000年1月1日起，停止征收企业所得税，比照个体工商户生产经营所得征收个人所得税。

投资者责任承担不同

一人有限责任公司的股东以认缴的出资额为限承担"有限责任"，仅有股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的情况下对公司债务承担连带责任；个人独资企业的投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任，投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。