喷泉的控制中，现在比较常用的三种控制方法，种是手阀控制，这种控制方法是人为进行操作的，利用手控的水阀来调节水管中的压强，从而形成不同强度的水流。这种控制形式比较传统，并且所需要的人力比较繁琐，需要专业的技术人员才能进行准确的操作，所以这种形式的应用范围开始在缩小。
一般音乐喷泉系统主要由音频控制系统、喷泉控制系统和灯光控制系统构成。作为整套系统核心大脑的既是控制系统，通常由喷泉控制器、变频器、水泵、多功能阀、万向喷头及供水管网组成，其中喷泉水泵目前已采用变频调速技术，实现水泵无级调速，能根据音频信号的强弱随时调节水泵速度，多功能阀及万向喷头由喷泉专用控制器控制，可根据设定程序实现各种图案和形状。
采用新的设计手法及成熟的喷泉制作工艺，通过光、影、水、电、声合成的技术达到变化独特、新奇的水舞景观效果，使人同时兼容视觉艺术和听觉艺术的特征，在两者互补中实现音乐水舞的艺术魅力，营造出具有多种功能的休闲文化空间。
随着音乐喷泉应用不断推广，各种喷泉专用控制器也不断完善。喷泉控制器或跑泉控制器具有多功能开关量输出、标准模拟量输出及内置通信接口电路，可通过RS-485或总线方式与上位机进行通信，其输出的标准电流或电压信号可作为变频器调速给定信号，结合音乐喷泉专用变频器的特有功能可实现复杂的控制。