保函依据商务合同开出，但又不依附于商务合同，具有独立法律效力。当受益人在保函项下合理索赔时，担保行就必须承担付款责任，而不论委托人是否同意付款，也不管合同履行的实际事实。即保函是独立的承诺并且基本上是单证化的交易业务。
预付款保函
又称还款担保，是指向工程业主（受益人）保证，如申请人未能履约或未能全部按合同规定使用预付款时，则银行负责返还担保函规定金额（或未还部分）的预付款。预付款担保的担保金额不应超过承包人收到的工程预付款总额。
办理银行保函有两种方案。
种是企业自己在有银行授信额度，直接到银行办理即可，用企业授信办理银行保函会占用信用额度，用授信来办理银行保函，在担保期限到了之后才能恢复额度。占用一千万授信额度，相当于占用一千万现金，另外银行收费一般在0.8%，这个方式的优点就是花钱少，缺点是得交全额保证金到银行冻结，直到项目结束后，才能解冻。
比较两种方案，第二种方案不占用授信额度，办理速度一周左右，自己走银行授信一个月左右，多数企业无法获得银行授信。另外，用授信办理银行保函，银行给的格式多为一般责任，且不能修改银行保函格式。用担保公司办理银行保函，格式可以修改，另外做投标类银行保函，费率低，速度快，适用于多家公司投标，更有优势。