高新技术企业专项审计，是依据高新技术企业认定办法相关规定，对近三年的研发费用支出情况及高新技术产品（服务）收入情况进行审计，出具审计专项报告。该报告主要用于企业申办高新技术企业或高新技术企业复审使用。提供给科委、财政、税务、工商单位及管理层和董事会等相关。

高新技术企业专项审计工作从业务承接到完成通常要经过以下步骤：

1、会计师事务所和高新技术企业专项审计单位进行初步沟通了解，确定高新技术企业专项审计目的、审计范围、审计收费等；并签订业务约定书；

2、会计师事务所安排项目组，下发委托方高新技术企业专项审计准备的资料清单；

3、被审高新技术企业专项审计单位按照资料清单准备相关审计资料，并确定现场审计时间。

4、现场审计阶段；

5、审计情况汇总和形成审计报告初稿；

6、与被审高新技术企业专项审计单位交换意见；

7 、出具正式审计报告。

要求针对研究开发项目和高新技术产品(服务)了解申报企业及其环境，比如，了解申报企业产品(服务)的技术变化，了解申报企业研究开发部门的设置和分布，以及是否存在专门的机构和人员从事研究开发活动，了解申报企业为从事研究开发活动而进行的固定资产投入以及为这些投入而使用的资金的来源，了解申报企业是否确立了创建科技创新型企业的发展战略，了解申报企业是否将高新技术产品(服务)收入作为主要的业绩考核指标。

高新审计依据高新技术企业认定办法相关规定，企业申请高新认定，需要对近三年的财务状况、研发费用支出情况及高新技术产品(服务)收入情况进行审计，出具审计专项报告和年度审计报告。

会计师会结合企业情况，给出一份准备材料的清单。主要是企业的资产负债表、损益表、总账、明细账、科目余额表(到末级科目)、财务凭证、公司的执照、章程等等。