进料加工贸易的进口，其大体的程序差不多。不同的是要先办手册。（关于手册的办理有空再另辟主题）分为进料加工手册和来料加工手册。报关的时候要用加工贸易的手册，再加上一般贸易几口所需的资料进行报关。
再就是缴关税，因为有手册，所以如果你进口的货物是免税的，只缴保证金，有的是需要缴全额的也就是的保证金，有的只缴100元的保证金。这些保证金等你的手册上面的所有进口料件核出口成品都出完了，那就要核销，核销完了你缴的保证金会一分不少的退回给你。和一般贸易所交的关税的操作程序一样。只不过一个是关税，一个是保证金。
海关接受申报的方式一般有3种：口头申报、书面申报及电子数据交换申报，其中以后两种申报形式为主。
按照我国《海关法》的规定，进口货物的申报期限为自运输工具进境之日起14日内，超过14日期限未向海关申报的，由海关按日征收进口货物CIF(或CIP)价格的0．5‰的滞报金。超过3个月未向海关申报的，除有特殊原因的以外，由海关将货物提取变卖，所得价款在扣除运输、装卸、储存等费用和税款后尚有余款的，自货物变卖之日起1年内，经收货人申请，予以发还；逾期无人申请的，上缴国库。 申报的具体手续是：进口货物到货后，申报人根据进口单据填写进口货物报关单向海关申报。
注意事项
1.进口报关单证（装箱单，发票，贸易合同）等所有单证一定根据实际货物一致
2.装箱单，发票，贸易合同等单证上的货物品名一定要一样并且和实际货物的品名一致
3.装箱单上的货物重量和方数要和提单上的一致，并且要和实际货物一致
4.合同上面要有合同号，发票上面要有发票号
5.是木质包装的需要在木质包装上有IPPC标示
6.从韩国和日本进口货物，还要有非木质包装证明.
7.凡进口下列九类商品必须提前5天预申报：
汽车零件;化工产品;高科技产品;机械设备;药品;多项食品;多项建材;钢材;摩托车零配件。
8.凡进口旧印刷机械，进口年限不能超过10年，超过10年国家不允许进口
9.凡进口发电机组，工作实效不能超过15000小时，年限不能超过8年
10.旧医疗器械，国家不允许进口
进口清关流程
1.进口换单——去货代或船公司换签D/O。（根据手中提单来确定是到何处换单。H B/L货代提单 M B/L船东提单）
2.海关电子申报——电脑预录、审单、发送、与海关联系/放行。
3.报检（三检）——电子申报放行后，凭报关单四联中的一联去商检局办理报价手续，出通关单或敲三检章。
4.报关——递交纸质资料（2014年11月1日起 [1] ，对企业资质有一定的要求）
5.交税——海关审价按照货物对应编码下税率征税
6.查验（如海关认为有必要）——海关根据货物申报品名的监管条件，与当日查验概率给予查验，如有查验会开出查验通知书
7.放行——海关放行有以下几个步骤：1.一次放行2.开出查验通知书或无查验直接2.次放行3.查验后，做关封后放行。
8.提货——放行后，收货人可提取货物至自有仓库、销售等