一般的代理记账公司会接手客户全部的财务处理，即有关财务的全部内容。主要有银行、工商、税务、公积金以及社保等方面的财务处理。而财务代理就有所不同。财务代理一般按照财务模块分开，既可以负责整个完整的多模块财务处理，也可以负责部分的单个或多个模块的财务处理。
财务代理的服务对象范围更为广阔。一般包括中小企业，大型企业以及跨国公司等。而对于代理记账公司来说，服务对象就相对有些局限。一般的代理记账公司的服务对象为不设立会计人员岗位或者会计机构的企业。
代理记账公司处理过程中遇到的公司应交税为负数的问题该怎么解决呢？一般来说，解决办法很简单。，增值税可以用于公司日后税务的抵押，一般可以不做处理。这其中还得分为两种情况。种呢，是少计提了税金，则必须由公司相关人员出面来补计提。第二种是多余的金额用以抵押日后的税金，要向有关部门即税局进行申请。
代理公司税务内部职责 1 填写各项税务报表及附表，办理纳税申报，包括电子申报和语音申报； 2 根据公司的营业范围和实际经营情况，办理税收减免和退税的申请； 3 协助公司办理发票购领、税务局对发票的检查和发票缴销； 4 配合公司做好税务专项检查和临时稽查。 5 协助公司处理相应税务沟通，税务行政复议及申诉事项。