中央空调的循环水泵的开启，一般要在制冷机组进行调试和运行之前，如果循环水泵出现不转的时候，冷却水和冷凝器制冷剂的出口温度会有上升明显的趋势，这是因为冷凝器的制冷效果下降影响的，同时它也会导致压缩机的吸气与排气温度的上升，进一步的导致制冷效果的下降。而冷凝器的温度上升也使得蒸发温度的上升，冷凝器与蒸发温度都上升了，制冷效果就降低了，室内温度自然也就上升了。
中央空调停运后，冷却水系统和冷冻水系统的清洗可用采取单台设备清洗方式或全系统清洗方式。但无论是单台设备清洗还是全系统清洗，一般都使用清洗槽和清洗泵将单台设务或原系统(可使用原系统的水泵)构成一个闭合回路进行循环清洗。
清洗一般按下列程序进行。灭藻清洗、碱洗、封存、(中)钝化、碱洗后水冲洗、运行、(中和)预膜、酸洗、漂洗、酸洗后水冲洗、水冲洗(检漏)
中央空调长时间运行，管道、过滤器、换热面表面集聚污物可能会造成"带病工作"，使系统换热效率降低，通风阻力增大，降低空调工作质量，增加不必要能耗，大大提高系统运营成本。
尽量每月开次机：
注意经常检查空调器电源插头与插座是否接触良好、无松动或脱落，通风道是否阻塞，空调运行时声响是否正常。在不使用空调的季节，也要保持一个月开机一次的使用量。空调的工作核心是压缩机，如果长时间不使用，压缩机内润滑油可能会凝结，影响下一次的使用。
使用季结束后清洗：
中央空调应对季节性停机时，建议做好清洗工作。清洗中央空调过滤网时，将过滤网抽出来，用吸尘器把上面的尘土吸干净，也可以用清水冲洗干净。晾干后装入空调使用。对尘土较多的环境，过滤网应该经常清洗，以免灰尘太多堵死出风口，而影响制冷效果。清洗好后只开空调器的风机，运转约2至3小时，使空调器内部干燥，祛除湿气。
冷水机组的开、停机顺序：
要保证空调主机启动后能正常运行，必须保证：
冷凝器散热良好，否则会因冷凝温度及对应的冷凝压力过高，使冷水机组高压保护器件动作而停车，甚至导致故障。
蒸发器中冷水应循环流动，否则会因冷水温度偏低，导致冷水温度保护器件动作而停车，或因蒸发温度及对应的蒸发压力过低，是冷水机组的低压保护器件动作而停车，甚至导致蒸发器中冷水结冰而损坏设备。