北中医三院目前编制床位520张，有34个临床科室，5个医技科室，4个门诊部，3个社区卫生服务站;医院有正高职称专家62名，副高职称专家113名，具有博士学位人员161名，硕士学位人员204名。医院有北京中医药大学经方现代临床应用研究所、北京中医药大学骨伤科研究所。
医院挂号也分为线上和线下两种挂号方式，线上挂号指的是医院会提前一周左右在医院平台网站放号，需要挂号的人群会进行抢号。北京小申就医跑腿能够以专业和靠谱的服务态度面相大众，帮助更多患者顺利挂上号。
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北中医三院拥有磁共振成像系统、瑞典医科达Precise直线加速器、德国Siemens数字减影血管成像系统（DSA）、消化内镜诊疗系统等大型进口诊疗设备，为医院的急危重症救治提供了完善的技术保障。