保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
付款保函 适用范围与用途： 适用于一切存在付款行为的商品贸易、技术劳务贸易、工程项目等； 对于卖方或承包方而言，获得了收回货款、工程款的保证，以利其发货、施工，便利了贸易的顺利进行； 对买方或发包方而言，付款保函的付款条件可在一定程度上制约卖方、承包方的行为，并保证货物、工程质量表面上达到买方、发包方的要求，从而维护买方、发包方的利益。
预付款保函 是指银行(担保人)应交易合同中的一方当事人(申请人)的请求，开立的以另一方当事人为受益人的保函，在申请人没有履行合同中规定的义务时，银行将保证偿还受益人预付或已付给申请人的金额。
在保函中约定，受益人提出索赔请求时，由委托人提供证据证明自己已履行基础合同义务，或受益人没有履行基础合同义务。在这种情况下，由委托人承担举证责任，如果委托人不能证明，则承担举证不能的不利后果，推定受益人的索赔成立，银行承担担保责任。