保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
预付款保函适用范围与用途： 适用于所有支付方式中包含预付款的项目，常见于工程承包、货物买卖等； 对发包方或买方而言，加强了对承包方或供货方按规定履行合同的制约，在交易对手不履约的情况下保障了预付款顺利收回； 对承包方或供货方而言，便利了预付款资金的及时到位，有利于加快工程建设或备货环节的资金周转
履约保函适用范围与用途： 履约保函用途非常广泛，适用于任何交易中需对当事人履行合同义务提供担保的情况，常见于工程承包、货物买卖； 对供货方或承包方而言，减少由于缴纳现金保证金引起的长时间资金占用，获得资金收益，优化资金配置，维护自身权益； 对买方或业主而言，能合理制约供货方、承包方行为，维护自身利益，也避免了收取、退回保证金程序的烦琐，提高工作效率
在保函中约定，受益人提出索赔请求时，由委托人提供证据证明自己已履行基础合同义务，或受益人没有履行基础合同义务。在这种情况下，由委托人承担举证责任，如果委托人不能证明，则承担举证不能的不利后果，推定受益人的索赔成立，银行承担担保责任。