北京301医院医院设置165个临床、医技科室，233个护理单元，拥有8个国家重点学科、1个国家重点实验室、20个省部级及全军重点实验室、33个全军医学专科中心和研究所，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。同时是全军重症监护示范基地和中华护理学会的培训基地。设有国际医学中心和健康医学中心，提供高端预防保健服务。医院年门急诊量490余万人，收容19.8万人，手术近9万例。
北京301医院与100多个国家和地区的医学院校、医疗科研单位开展了广泛的学术交流和技术合作，每年有700多名技术人员出国进修和技术合作，有400多名国外专家来院访问、讲学。先后聘请了150余名国外学者担任名誉教授和技术顾问。
令狐恩强率先定名完善消化内镜隧道技术，模糊了消化内外科的界限，替代了一批传统外科手术；率先提出基于保持人体解剖结构不变条件下，达到祛除疾病目的的超级微创手术新概念，替代长期存在以切除器官为代价的手术模式，为未来手术方法学与器械研发指明了方向。
令狐恩强指出，近几年，随着消化内镜技术的快速发展，我国已从微创外科到超级微创外科的过渡。现在广义上的微创手术指的是微小创口的外科手术。然而微创发展到今天，它的概念已经改变：相对于开腹、开胸而言，微创是用腹腔镜、胸腔镜等内镜对患者病变部位进行切除，但是其切除的范围仍然很大。然而随着消化内镜技术的发展，我们现在强调：在保留组织解剖结构完整和保证器官功能的基础和前提下，可能性地切除病变部位，从而达到患者的目的。这我们称之为“超级微创”，这也是未来医学的发展趋势。