北京儿童医院以病人为中心，全心全意为儿童服务，大力弘扬“公慈勤和”院训精神。医院坚持公益，始终“关注儿童、关注健康”，成立“北京儿童健康基金会”，扶助困难家庭患儿就医;组织医疗骨干参加援疆援藏任务、“人才京郊行”、大型义诊活动，为偏远地区和基层单位的儿童送医、送药、送健康;开展免费救治西藏先心病、唇腭裂患儿活动，举办血友病、糖尿病、白血病儿童夏令营，让患儿感受到社会的温暖。
北京儿童医院先后获得“全国文明单位”“首都文明单位标兵”“首都文明服务示范窗口”“专科医院”“双十佳人民满意医院”“北京三甲医院”荣誉称号及“首都劳动奖状”“全国五一劳动奖状”。
北京儿童医院医院内分泌科开设肥胖与减重门诊，筛查导致肥胖的内分泌疾病(如垂体、肾上腺、甲状腺疾病、下丘脑综合征等)，评估营养状况，进行营养代谢状态分析，并对患者进行个体化减重指导，帮助患者达到并维持目标体重。
随着我国人民生活水平的提高，家长对孩子身高的关注度越来越高。矮小的诊断标准：身高低于同地区、同种族、同性别、同年龄身材正常儿童身高平均值两个标准差，或者身高低于该人群儿童身高的第3百分位。导致身材矮小的原因众多，生长缺乏症、家族性矮小、体制性青春期延迟、先天性卵巢发育不全、甲状腺功能减低、性早熟所致的矮小、早产儿、小于胎龄儿、严重的佝偻病和骨骼发育畸形以及多种慢性疾病所致的矮小、特殊矮小综合征等均可引起矮小。另外，特发性的矮小不仅与遗传因素有关，也与不健康的生活方式密切相关。