先后获国家科技进步二等奖2项、省部级一等奖4项、何梁何利科学技术与进步奖，谈家桢生命科学临床医学奖，转化医学杰出贡献奖，吴阶平医药创新奖，中国工程院光华工程科技奖。北京大学人民医院血液科黄晓军加急住院挂号
北京大学人民医院血液科黄晓军加急住院挂号）兼任亚太血液联盟常委会主任、世界华人医师协会第四届理事会副会长、第四、五届中国医师协会血液科医师分会会长、第九届中华医学会血液学分会主委。
黄晓军，男，1964年生，汉族，江西省南丰县人，北京大学人民医院血液病研究所所长，主任医师、教授。
1987年毕业于中山医科大学医疗系。
1992年于北京医科大学获医学博士学位。
1997年-1998年在美国Einstein医学院肿瘤研究中心从事血液恶性肿瘤新的研究。
1989年开始从事血液病临床及实验研究，对造血干细胞移植技术及其各种合并症、各种急慢性白血病的诊断有丰富的临床经验。率先探索并完成了人类白细胞抗原(HLA)不合/单倍体HSCT(hematopoieticstem cell transplantation)的临床和实验研究;在国内早成功开展了非血缘HSCT，创立并完善了非血缘HSCT的技术体系;领导了非清髓HSCT的临床工作;对HSCT后复发白血病的传统技术进行了改造。
是个感染指南的执笔者及制定者之一。
2007年担任国家杰出青年科学基金项目负责人，创新团队带头人。负责承担国家自然科学基金国家“863”基金、“985”基金、北京大学211基金、卫生部基金、教育部博士点和“新世纪人才”等多项基金。发表论文100多篇，综述10多篇，专著10部。1996年被评为硕士研究生导师，1999年获北京市医务工作者，2003年获北京市五、四青年称号，被评为博士生导师。2005年被评为教育部“新世纪人才”。在2006年获中华医学科技奖二等奖，2008年卫生部吴杨奖获得者，2008年中国医师奖获得者。